Die Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche ist ein multifunktionaler Ort als:
Die Bestimmung, Ort der Mahnung gegen den Krieg und Ort der Versöhnungsarbeit zu sein, ist der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche in mehreren Stufen zugewachsen. Am Anfang stand die Entscheidung, die Turmruine als Mahnmal zu erhalten. Das Bauwerk wirkt als Ikone der Kriegszerstörung weitgehend selbst. Die 1964 geschaffene Gedenktafel für die evangelischen Märtyrer des Nationalsozialismus in der neuen Kirche ist ein erster expliziter Erinnerungspunkt, der die Gedächtniskirche mit dem katholischen Karmel Maria Regina Martyrum mit der Gedenkkirche in Plötzensee verbindet. 1983 übergaben die Nachfahren von Kurt Reuber das Bildnis der Madonna von Stalingrad an die Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche. 1987, zur 750-Jahr-Feier Berlins, ist die Gedenkhalle als Ausstellungs- und Erinnerungsort eingerichtet worden und hat ein Nagelkreuz von Coventry erhalten. 1988 kam als Geschenk der russisch-orthodoxen Kirche ein Ikonenkreuz dazu.
Heute betont die Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche durch Gottesdienstreihen, Kapellengespräche und die Arbeit des Kirchenführungsteams und besonders auch durch das Nagelkreuzgebet die Gedenkarbeit und ist dabei, sie weiter in Richtung Versöhnungsarbeit zu profilieren.
Die Kirchengemeinde der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche ist die Ortsgemeinde für gut 3.000 evangelische Christinnen und Christen in Berlins City West. Sie trägt den Großteil der citykirchlichen Arbeit mit ihren vielen Gottesdiensten und Konzerten. Die Landeskirche engagiert sich fördernd für den Ausbau der Citykirchenarbeit. Die Gemeinde kooperiert in der täglichen Arbeit mit dem Freunde der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche e. V., der unter anderem für den Betrieb der Gedenkhalle im Alten Turm und für die Organisation der stark nachgefragten Kirchenführungen zuständig ist und Personalstellen geschaffen hat. Die Stiftung Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche ist als Eigentümerin der Gebäude die Trägerin der regelmäßigen Restaurierungs- und Instandsetzungsarbeiten an den Gebäuden der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche. Diese Aufgaben kann sie nur durch Spenden und Förderungen erfüllen.
Die offene Arbeit einer Citykirche macht es schwer, Zielgruppen konkret zu benennen.
Die Angebote der Kirchengemeinde richten sich gleichermaßen an Gemeindeglieder und eine allgemeine, oft touristische Öffentlichkeit; die Gedenk- und Versöhnungsarbeit auf niederer Schwelle richtet sich bewusst an jede Person, die gezielt oder zufällig vorbeikommt. Die im Aufbau befindliche regelmäßige Citykirchenarbeit möchte vor allem niedrigschwellige Kontaktmöglichkeiten offerieren.
Die Weiterentwicklung der Versöhnungsarbeit zielt verstärkt auf Jugendliche (Konfirmandinnen und Konfirmanden und Schulgruppen). Die Gemeinde strebt an, attraktivere Rahmenbedingungen für ständige Citykirchenarbeit zu schaffen, damit Besuchende länger verweilen können, um Angebote entdecken zu können. Die Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche muss sich immer wieder neu den mit ihrer exponierten City-Lage und historischen Bedeutung verbundenen Herausforderungen stellen, sei es in der Flüchtlingsdebatte oder beim Umgang mit Terroranschlägen.